Ядро RM-3 – это один из основных программных модулей. Ядро RM-3 выполняет функции диспетчеризации сообщений в системе, обеспечивая единую транспортную подсистему, а также осуществляет значительную часть работы с конфигурационной базой данных. Кроме того, ядро выполняет функции лицензионного сервера – лицензионные ключи RM-3 должны быть подключены к компьютеру, на котором запущено ядро. В системе, построенной на платформе RM-3 должен присутствовать как минимум один компьютер (сервер), на котором запущено ядро. При отсутствии связи с ядром компоненты RM-3 становятся неработоспособными.
Лицензия на запуск одного ядра RM-3  включена в базовый комплект. Дополнительные лицензии на запуск ядра  требуются редко – в случаях, когда необходимо создать систему, состоящую  из относительно независимых частей,  способных работать автономно  продолжительное время.